L'Université de Technologie sino-européenne de Shanghai fonctionne sous le régime d'un Conseil d'Administration conjoint. Ce conseil supervise plusieurs instances, notamment le Comité directeur, le Comité politique et administratif, le Conseil de perfectionnement, le Comité scientifique, le Bureau des étudiants et le Bureau du Syndicat.
Le Conseil d'Administration conjoint est composé de 15 membres : 8 représentants de l'Université de Shanghai et 7 représentants du Groupe des Universités de Technologie françaises (UT).
Le Président de l'Université de Shanghai occupe le poste de Président du Conseil d'Administration conjoint, tandis que M. Montavon Ghislain, Président du Groupe UT et Président de l'Université de technologie de Belfort-Montbéliard (UTBM), en est le Vice-président.